Pelayanan dalam bidang kesehatan juga merupakan pelayanan yang cukup penting. Tidak hanya bagi anggota jemaat GBKP tetapi kehadiran GBKP dapat dirasakan oleh masyarakat luas. Dalam tubuh yang sehat terdapat jiwa yang sehat. Ini adalah satu slogan yang sering kita dengar dan kita kumandangkan. Pada zaman zending pelayanan kesehatan sudah cukup baik yaitu dengan berdirinya Rumah Sakit Kabanjahe, Rumah Sakit Lau Simomo, Rumah Sakit Sibolangit dan Klinik di Brastagi. Pada saat ini seluruh rumah sakit ini dikelola oleh pemerintah. Visi yang ingin dicapai oleh Yayasan Kesehatan GBKP adalah sebagai partner gereja dalam memberikan pelayanan secara holistik (menyeluruh). Misinya meliputi dalam 3 (tiga) bidang yaitu :

1. Bidang pelayanan kesehatan
   
2. Bidang penunjang pelayanan kesehatan
   
3. Bidang pendidikan dan penelitian.

Yayasan Kesehatan adalah badan hukum yang akan mengelola rumah sakit ini harus melalui tahapan-tahapan program yang dilaksanakan yaitu :

1. Mengumpulkan seluruh data dan asset rumah sakit yang sudah pernah ada dan kepemilikannya.
2. Membuat surat permohonan kepada pemerintah untuk pengelolaan kembali rumah sakit tersebut.
3. Menyusun rencana anggaran untuk pengambilalihan Rumah Sakit Umum Kabanjahe dan membentuk tim pengelolanya.
4. Mengadakan Pusat Pelayanan Kesehatan yang baik bagi masyarakat.
5. Membuat program jangka pendek, menengah dan jangka panjang.
6. Menjalin kerjasama dengan anggota-anggota GBKP yang berprofesi dokter, pemilik klinik dan apotik.
7. Mencari data asset GBKP agar dapat menjadi sarana dan prasarana untuk pelayanan kesehatan
8. Tempat pelayanan bagi ahli kesehatan anggota GBKP

Kerjasama yang baik antara pengurus yayasan kesehatan, moderamen, pemerintah dan dokter-dokter yang ada dilingkungan GBKP, sangat diharapkan maka Yayasan Kesehatan GBKP ini dapat berjalan dengan baik dengan harapan pada masa yang akan datang dapat menjadi sumber dana GBKP.